Holiday
LS II生二 113 F7F8
本課程關注基因調控網絡和系統生物學,將由國衛院分基所喻秋華研究員教授。 喻博士在加州理工學院擔任博士後研究員期間,獲得了開發胚胎發育基因調控網絡的大量經驗。她使用計算算法解釋轉 錄調控,解碼了海膽內胚層特異性基因Endo16的調控網路,並於1998年發表在科學雜誌,喻博士還參與建立海膽的內 中胚層基因調控網絡。喻秋華研究員的實驗室使用基因調控網絡建模工具(BioTapestry)解碼了斑馬魚胚胎基因調控 網絡。喻博士發現肝癌與肝發育有共通的基因和途徑。她在小鼠模型中啟動了肝癌的系統分析,並建立了肝癌的轉基因 斑馬魚模型,進一步開發藥物篩選平台。 喻博士將運用她的經驗並結合尖端技術,讓學生熟悉基因體和系統生物學方法和概念,讓學生了解什麼是基因調控網 路、系統生物學、系統醫學,以工程角度來理解生物學家認為的基因調控網路。讓學生知道基因調控網路與分子、細 胞、發育及演化的關係。幫助學生應用基因調控網絡和系統生物學,並了解系統生物學與疾病、癌症、罕見疾病的關 係。深度學習打開個人化醫療的新視野。
Course keywords: Systems Biology, Gene Regulatory Networks, Systems Medicine, Precision Medicine. 一. 課程說明 1. 什麼是基因調控網路、系統生物學、系統醫學。 2. 以工程角度來理解生物學家認為的基因調控網路。 3. 基因調控網路與分子、細胞、發育及演化的關係。 4. 系統生物學與疾病、癌症、罕見疾病的關係。 5. 系統生物學之應用-系統醫學。 6. 深度學習打開個人化醫療的新視野。 二. 指定用書 1. “發現基因組學,蛋白質組學和生物信息學(第二版)” “Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics (2nd Edition)” A. Malcolm Campbell and Laurie Heyer. ISBN No. 0805382194 2. “基因體的調控:發育及演化的基因調控網路” “The Regulatory Genome : Gene Regulatory Networks In Development And Evolution” Eric H. Davidson ISBN No: 0120885638 三. 參考書籍 最新文獻 literatures 四. 教學方式 1. 投影片教學配合講義及電腦實習。 2. 學生分組討論及報告腦力激盪。 3. 建議學生修過以下之基本課程: 遺傳學、生物化學、分子和細胞生物學。 4. 如果學生沒有修習過這些領域中,學生可以自我學習來彌補。若有問題請向授課老師討論。 五. 教學進度 1. Introduction-What is Gene regulatory Networks, Systems Biology and Systems Medicine 2. Molecular Biology and Bioinformatics 3. Genomics, Proteomics and metabolomics 4. Genomic Circuits in Single Genes-from Endo16 study to understand the gene regulation 5. Integrated Genomic Circuits -Natural Gene Circuits-lambda phage 6. Integrated Genomic Circuits -Natural Gene Circuits-learning and memory 7. Integrated Genomic Circuits -Synthetic Biology 8. Modeling Whole-Genome Circuits -Model Entire Eukaryotes with a Systems Approach 9. The regulatory genome for animal development 10. Cis-regulatory modules, and the structure/function basis of regulatory logic 11. Development as a Process of Regulatory State Specification-1 12. Gene Regulatory Networks for Development and Evolution 13. Systems Biology for Cancer 14. Systems Biology of Human Diseases 15. Systems Medicine: The Application of Systems Biology 16. Network Systems Biology for Drug Discovery 17. Convergence of Implementation Science, Precision Medicine, and the Learning Health Care System 18. Deep learning opens new horizons in personalized medicine 六. 成績考核 1. 本課程沒有期中考, 每週有家庭作業。於下週上課交回。家庭作業占70%。 2. 本課程沒有期末考, 期末口頭報告成績占30%。
MON | TUE | WED | THU | FRI | |
08:00108:50 | |||||
09:00209:50 | |||||
10:10311:00 | |||||
11:10412:00 | |||||
12:10n13:00 | |||||
13:20514:10 | |||||
14:20615:10 | |||||
15:30716:20 | |||||
16:30817:20 | |||||
17:30918:20 | |||||
18:30a19:20 | |||||
19:30b20:20 | |||||
20:30c21:20 |
Average Percentage 94.86
Std. Deviation 1.81
平均百分制 94.15
標準差 2.07
-
-
-
-